出力したいスペクトルデータ(data)がテーブル型なので、CSVへのファイル保存は相性が良いです。
PeakFinder列が構造体(struct)になっていて、このまま書き込むと列が空になってしまうので、下記のように一旦構造体をセルにしてから格納し直してCSVに出力できます。
%save data.mat
% ←最後にdataをMATファイルに保存
% PeakFinderの構造体をセルに変換
tempTable = struct2cell(data.PeakFinder)';
% 元のデータに格納
data.PeakFinderFrequency = tempTable(:, 1);
data.PeakFinderValue = tempTable(:, 2);
% 元のPeakFinder列を削除
data.PeakFinder = [];
% CSVで書き込み
writetable(data, 'data.csv')
