どんなファイルの内容か分からないと明確な回答は出来ませんが：
タイトル行(項目名など)が含まれると読み込みに失敗します。オフセットを指定する必要があります。
M = csvread(filename,R1,C1) は、
行のオフセット R1 および列のオフセット C1 からファイルのデータの読み取りを開始します。
たとえば、オフセット R1=0 および C1=0 はファイルの最初の値を示します。
P = pwd; % ここではカレントフォルダで作業します
S = dir(fullfile(P,'*.csv'));
for k = 1:numel(S)
F = fullfile(P,S(k).name)
S(k).data = csvread(F,1,0); % 行のオフセット=1、列のオフセット0 からファイルのデータの読み取りを開始
end
S(3).data' % 上手く読み込めた
S(3).data = csvread(F); % オフセット指定が無いと読み取りに失敗する
