スマホの画像にはEXIFのメタデータが含まれるので、Orientationの値を見て縦向き(6)だったらimrotateする方法でうまくいくと思います。
imageFile = 'IMG_xxx.jpg';
img = imread(imageFile);
% Get image meta information
info = imfinfo(imageFile);
% If an image is jpeg and contains exif
if isfield(info, 'Orientation')
if info.Orientation == 6
img = imrotate(img, -90);
end
end
imshow(img)
