h1.EdgeのColorDataの4行目を255に変更してみたところ、上手くいきました。
t = 0:pi/500:pi;
xt1 = sin(t).*cos(10*t);
yt1 = sin(t).*sin(10*t);
zt1 = cos(t);
xt2 = sin(t).*cos(12*t);
yt2 = sin(t).*sin(12*t);
zt2 = cos(t);
h1 = plot3(xt1,yt1,zt1);
n = length(t);
cd = [uint8(jet(n)*255) repmat(0xFF,n,1)].'; % 4行目の値を255に変更
drawnow
set(h1.Edge, 'ColorBinding','interpolated', 'ColorData',cd);
hold on
h2 = plot3(xt2,yt2,zt2);
h2.Color(4)=0.5;
hold off