input関数を使うとキーボードからの入力待ちになり、かつ何ボタンを押したかを記録することができます。
例えばEnterなら[](空)になりますので、下のようになります。
timeVal = tic; % 測定開始
x = input("press Enter to record elapsed time."); % コマンドウィンドウにプロンプトを出して指示待ち
if isempty(x) % もし押されたのがEnterであれば
elapsed_time = toc(timeVal) % 経過時間を保存
end
参考にしていただければ幸いです。