127行目時点での In のサイズは確かに 13243x1 ですが、128行目からのfor文の中で In の長さが短くなっているものと予想します。特に気になる点は137行目のif文の処理で、ここで In のg番目が除去されています。この処理が複数回呼び出されることで、Inのサイズが 12898x1 まで短くなっていませんでしょうか。
以下のコードですと、除去の挙動がわかりやすいかと思います。
data = [1 2 3 4 5]
size(data)
data(3) = [] % 3番目の要素を除去
size(data)
