複数のバグが絡んでおりますので順を追って説明いたします。
まずエラーメッセージの直接的な出処についてです。MATLABでは添字は1からというルールですが、ご掲示のコードでは i=0:100 のように0スタートになってしまっています。0 は正の整数ではないため、Isabun(i) の行で上記のエラーメッセージが出ております。
次にバグについてです。Isabun は二次元配列ですが、ご掲示のコードでは Isabun(i) のように一つの添字しか与えられておりません。またカウント用変数の初期化 n=1 も、for文の外側（直前）に移動する必要があります。 そのほか、XX,YYが未定義である点もバグかと思われます。
またバグではありませんが修正が望ましい箇所があります。一つは、MATLABでは二次元配列の添え字は y,x の順序ですが、ご掲示のコードでは逆になってしまっています。また for や if の行の最後にセミコロンは不要です（警告が出るかと思います）。
意図を掴めているかは自信がありませんが、上記のバグを解消した参考コードです。
Isabun = imread("Isabun.png");
%ランダムな配列の作成
y = random('uniform',1,236,10);
Y = y(:);
uiY = uint8(Y);
x = random('uniform',1,392,10);
X = x(:);
uiX = uint8(X);
xy = uint8(zeros(20,2));
n = 1;
for i = 1:100
if Isabun(uiY(i),uiX(i)) == 1
xy(n,:) = [X(i),Y(i)];
n = n+1;
end
end
