S-Functionは昔から (R12:Simulink 4.0には既に) あります。 MATLAB Function は R2011a で導入されたそうです。
「Simulinkでコードを動かす」事自体はずっと変わりませんが、昔は「Simulinkに所望の機能が無いから自分でカスタムブロックを作成する」意味合いが強かったはずです。実際には「レガシーコードをSimulinkモデルに組み込んで動かす」使われ方が多く、更に現在では「Simulinkで作るけど部分的にコードを書きたい」要望も出てきました。また、MATLABやStateflowの既存資産をSimulinkに移行する要求もあります。その意味で便利さを追求して様々な「何とかFunctionブロック」が登場しました。
