imwrite関数を使えば問題を回避できます。
RGB = imread('football.jpg');
maskedRGBImage = RGB; % createMask()の入出力サイズは同一なので省略
imwrite(maskedRGBImage, 'maskedRGBImage.jpg'); % しきい値画像をファイルに書き出す
clear maskedRGBImage
ImageFromFile = imread('maskedRGBImage.jpg'); % 同じファイルから読み込む
size(RGB) == size(ImageFromFile) % 元画像とファイルから読み込んだしきい値画像は同サイズか?