通常、MATLAB Compiler SDK では、NET 用の DLL を作成することができますが、 データのやり取りをするのに、MWArray 型に変換して使います。 Type-Safe Interfaceを使うと、 MWArray 型変換無しに、C# のデータ型をそのままで使う事ができます。
英語になりますが、以下のブログが参考になります。 http://blogs.mathworks.com/loren/2011/06/03/introducing-type-safe-apis-with-builder-ne/