それぞれの画像をラベル別の名前を付けたフォルダに分けて保存しておくと便利ですが、いかがでしょうか?
例えば、上記のサンプルプログラムで使用している画像は、それぞれの画像をラベル別にフォルダに保存し、
digitData = imageDatastore(digitDatasetPath, 'IncludeSubfolders',true,'LabelSource','foldernames');
と、フォルダー名をラベルとして使用するオプション('LabelSource') を活用しています。
参考まで、実際のフォルダーは下記コマンドで確認できます(R2016b 以降限定)
digitDatasetPath = fullfile(matlabroot,'toolbox','nnet','nndemos', 'nndatasets','DigitDataset');
winopen(digitDatasetPath);