詳細は判りかねておりますが、多入力多出力モデルを表現するようでしたら、下記はサイトは参考になれますでしょうか?
上記ドキュメントの例では2入力2出力の例で、分母係数は共通で "z + 3" を使っていますが、分子係数同様に別々に定義することも可能です。Control System Toolbox をお持ちであれば、上記で作成した MIMO の LTIオブジェクトを直接Simulink上にインポートする機能があります。
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