はい、可能です。例えば以下のようなコードで四角形を描きます。
figure;
h = rectangle('Position',[1 2 5 6])
axis([0 10 0 10])
その後、rectangle のハンドル（図のプロパティと呼ばれる情報を保持しているオブジェクト）を delete 関数で消すことができます。
detele(h)
- How to Delete Rectangles with Loops: https://jp.mathworks.com/matlabcentral/answers/296175-how-to-delete-rectangles-with-loops
