単純に
R = rand(2);
[A,B]=eig(R(:,:),'nobalance')
とコマンドプロンプトで実行するだけではエラーは再現しませんが、、他に何か実行されていますか?
エラーメッセージの通り、'nobalance' オプションの使用はコード生成には対応していないみたいなので、コード生成を試みているようでしたら 'nobalance' を使わずに実行する・・という選択肢になりますか?
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