こちらも実行して試せる簡易なコードがあれば回答しやすいのですが・・。 cell型の変数の中身の値をチェックするのであれば、cellfun はどうでしょうか?
C = {'100','200','300'};
cellfun(@(x) strcmp(x,num2str(100)), C)
ans =
1×3 の logical 配列
1 0 0
それから char の比較は strcmp がお勧めです。
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