あまりかっこいい方法ではないですが、
close(h) % h は閉じるべきFigureのハンドル
の構文で、「自分自身」以外の Figure をハンドルで明示的に指定して消すしかなさそうですね。。
消されるべきそれぞれの Figure を作る時にハンドルを確保しておくか、'Tag' 名を設定しておき、
h = findobj('Tag',TagName,...)
で取ることもできますが、どうでしょう?
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