できれば実行できるサンプルコードがあれば、いろいろ試しやすいんですが・・。
その「特定の値」をNaNに置き換えて描画する方法はどうでしょう? contourf 関数のヘルプページに
"Z に値 NaN があると、等高線図中に境界線が黒の空白領域が残ります。"
と記載がありますが、pcolor 関数でも同じみたいです。
n = 6;
r = (0:n)'/n;
theta = pi*(-n:n)/n;
X = r*cos(theta);
Y = r*sin(theta);
C = r*cos(2*theta);
C(C>0.5) = nan; % 0.5 以上の値を nan にしてみます。
hp = pcolor(X,Y,C);
axis equal tight