下記のコードでは、原点を含まない線を書くことができました。
plotに入れる変数に(0,0)座標が含まれているのではないかと思うのですが、
確認できますでしょうか。もしくは実際のコードを貼り付けていただけると何かしらわかるかと思います。
img = imread('coloredChips.png');
imagesc(img)
hold on;
plot(100*rand(10,1)+100, 100*rand(10,1)+100, '-');
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