なんでimbinarizeなどが必要なのかわかりませんが、フィルタの使い方が間違っているのが原因です。
まず、理想的なフィルタは存在しません。LPFであれば通過帯域から遮断帯域までの肩特性は斜めに下がっていきますし、遮断帯域の信号の振幅は０にはなりません。
Junyaさんのデータは、1列目が時間軸データ、2列目が振幅データとなっているようですが、lowpassコマンドの1つ目の引数に時間軸データは必要ありませんので、振幅データのみを入力する必要があります。
信号は10MHzの信号と高調波ノイズで構成されているようですが、この高調波ノイズを除去したいのでしょうか？このように書くと良いのでは？
% 入力信号を表示
subplot(2,1,1),plot(Trace_1(:,1), Trace_1(:,2))
% フィルタリング
y = lowpass(Trace_1(:,2),10^6,10^7);
% フィルタリングされた信号を表示
subplot(2,1,2),plot(Trace_1(:,1), y)
フィルタの特性を理想に近づけたく、肩特性を急峻にしたい場合はSteepnessパラメータを1に近い値にします。
y = lowpass(Trace_1(:,2),10^6,10^7, 'ImpulseResponse','iir','Steepness',0.96);
subplot(2,1,2),plot(Trace_1(:,1), y)
使い方はドキュメントに載っているのでドキュメントをよく読みましょう。
doc lowpass
