複数の文字列の比較をしたい場合は、contains 関数を使用すると簡単に比較できるかなと思います。
例えば、Moji_ver1 の文字列の配列(セル配列)で Moji_ver2 のそれぞれの文字列を含んでいるか比較できるみたいです。含んでいる文字列は 1, 含んでない文字列は 0 です。
Moji_ver1 = {'AlertRDCT_a','AlertRDCT_b','AlertRDCT_c','AlertRDCT_d'};
Moji_ver2 = {'AlertRDCT_a','AlertRDCT_c'};
TF = contains(Moji_ver1,Moji_ver2)
もしくは、添付画像のデータに SWVersion らしき列があるみたいですので、その SWVersion の値で判断したらいかがでしょうか。