以下のように、グラフオブジェクトを構築・可視化する方法はいかがでしょうか？
% データ点の(x,y)座標
x = [1,5,10,20];
y = [1,4,5,10];
% Edgeの始点(s),終点(t),重み(w)
% ※注：組み合わせのうち "1-5" については対応するデータ点がないため除去しました。
s = [1,1,1]';
t = [2,3,4]';
w = [0.1,0.7,0.01]';
% グラフを構築
G = graph(s,t);
% 可視化
figure
plot(G,'XData',x,'YData',y,'EdgeCData',w,'LineWidth',2,'MarkerSize',8);
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