evalinコマンドでワークスペースから変数を取ってくればできます。
座標軸を(app.UIAxes)をApp Designerの設計ビューに置いて、
以下のようなコマンドをアプリのstartupFcnやボタンのコールバックに入れてみてください。
x = evalin('base','x');
y = evalin('base','y');
plot(app.UIAxes, x, y)
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