Line object の順番が代わってしまっているのが要因ですが、例えば
Line_obj = findobj(pHandle,'Type','Line'); % Lineの要素を抽出
を
Line_obj = findobj(ax(1),'Type','Line'); % Lineの要素を抽出
に変えて axes から Line を検索するようにすると順番も維持される模様です。
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