readcell 、 readmatrix なるほど。今はこんな便利な命令あるんですか。でも2015では動かないのか残念。csv ならあとは、 textread …じゃなくて textscan もありますね。ボトルネックはテキストファイルへのアクセスだと思います。
fscanf や fgetl と split など、低水準の命令の方が早い可能性があります。高水準な命令は便利な半面、今回のケースにとっては余計な処理も含まれているはずなので遅くなっているはずです。一般的には低水準に近いほうが無駄がなく早いはずです。（最近の流行ではそうはならないのですが、MATLABはどうなんだろう？）
低水準 I/O によるテキスト データ ファイルのインポート
https://jp.mathworks.com/help/matlab/import_export/import-text-data-files-with-low-level-io.html
さて結論ですが、すみません。やってみないとわかりません。やったことありません。低水準の命令のほうが早いと思うのですが、もしかすると高水準な方は、内部で高速処理ような最適化とかしてるかもしれませんし。ということなので、ベンチマークテストをやってみることをおすすめします。
readcell や textscan 、 fscanf で読み込むだけのスクリプトをそれぞれ書いて、同じデータを読み込む時間をテストしてください。時間計測は、 tic, toc で十分だと思います。それで一番早いやつで諦めるしかないのかな。
データを出力する側が mat 形式などの matlab で簡単に読めるバイナリ形式で出力してくれれば一番楽なんですけどね。出力元の方のマニュアルや最新情報を確認するのも良いかもしれません。（Database Toolbox ？）
