どういうデータ構造なのかがわからないのでとても答えづらいですが、仮にこんな構造だったらこうするというやり方で回答しておきます。
data = [ (1:300)', rand( 300, 2 ) ];
time = data( :, 1 );
idx_3kw = and( 0 < time, time <= 100 );
idx_other = not( idx_3kw );
plot( time(idx_3kw ), data( idx_3kw, 2:end ) ); hold on
plot( time(idx_other), data( idx_other, 2:end ) + 20 )
データさえ取り出せれば、計算はできますね。logical 配列の使い方は、MATLAB 入門 のオンラインチュートリアルで説明されているので大丈夫だと思います。四則演算出来るのは出てきてたかな？覚えてません。
尚、コピペの誘惑に負けてしまうと良くないと思ったので、追加と修正が2行ほど必要です。あ、plot 入れたら3行か。ともかく101秒~200秒の分です。頑張ってください。
