こんにちは。drawrectangle関数で、画像に四角形を描画できますが、その際に初期値を決めておけばそのサイズの四角形を描画させることができ、かつ描画したオブジェクトはマウスで動かすことができます。動かした後、オブジェクトのハンドルを見ると、動かした先のPositionを得ることができます。下記がサンプルコードとなります。
img = imread('peppers.png'); % 画像の読み込み
imshow(img) % 表示
h = drawrectangle('Position',[1 1 100 50]); % (1,1)を左上座標とした幅100,高さ50の領域生成
% この状態で、四角をマウスでぐりぐり動かして、切り抜きたい範囲にあわせてください
roi = h.Position;
imgCrop = imcrop(img,roi); % 切り抜き
注意点として、上の例ですと切り抜かれた画像サイズは51x101(x3)になっています。気持ち悪いですね。詳細はimcrop関数のdocumentをご覧いただきたいのですが、こういう仕様になっています。ですので、切り抜き後のサイズをかっちり決めたいのであれば、その値-1をdrawrectangleで指定してあげてください（上記の例なら[1 1 99 49]）。
