特定の領域は画像の関心領域のみに2値化を適用となりましたでしょうか？
関心領域のみ特定の処理を行う機能として roifilt2が利用できます。
以下のようなフローはいかがでしょうか？
% 画像読み込み
>> I = imread('cameraman.tif');
% 関心領域をマウスを使ってインタラクティブに多角形で選択
>> mask = roipoly(I);
% roifilt2を使って関心領域のみに2値化
J = roifilt2(I, mask, @(I) imbinarize(I,0.5));
% 結果の表示
imshow(J)
