How could I match data from two files?

Question

Ivan Mich 2021-3-7

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https://ww2.mathworks.cn/matlabcentral/answers/765511-how-could-i-match-data-from-two-files

编辑： Stephen23 2021-3-8

I have two .txt files. The first column of a FILE 1 contains some of the strings/ names that also exist in the first column of the FILE 2. In FILE 2 for each item / name corresponds a number in the same order. I want for each element of the first column of file 1 to find the number of column 2 of file 2.

[For example I want the first cell of FILE1 ("B") to correspont to number 56 of FILE2 etc - I am uploading these files]

Could you please help me ?

I am importing also the final file I want to create (FINAL.txt)

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Ivan Mich 2021-3-7

I would like my code:

1) Read file1 and file2

2)based on file 2 matches (eg number 56 corresponts to "Β", etc) to create a new column in file1.

3)Mainly , depending on the number of 1st column of file1 to write the number which responts to (based on file 2 matces) in an another column

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Answer 1

Stephen23 2021-3-8

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https://ww2.mathworks.cn/matlabcentral/answers/765511-how-could-i-match-data-from-two-files#answer_641551

编辑：Stephen23 2021-3-8

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T1 = readtable('FILE1.txt', 'ReadVariableNames',false)
T1 = 3x1 table
    Var1 
    _____

    {'B'}
    {'D'}
    {'A'}
T2 = readtable('FILE2.txt', 'ReadVariableNames',false)
T2 = 7x2 table
    Var1     Var2
    _____    ____

    {'A'}      1 
    {'B'}     56 
    {'C'}      3 
    {'D'}     89 
    {'E'}      5 
    {'F'}     74 
    {'G'}     66 
Tout = join(T1,T2)
Tout = 3x2 table
    Var1     Var2
    _____    ____

    {'B'}     56 
    {'D'}     89 
    {'A'}      1 
writetable(Tout, 'OutFile.txt', 'WriteVariableNames',false)

Or alternatively:

[X,Y] = ismember(T1.Var1,T2.Var1);
Tout = T1(X,:)

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Stephen23 2021-3-8

编辑：Stephen23 2021-3-8

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This error occurs because not all of the strings in FILE1.txt occur in FILE2.txt:

T1 = readtable('FILE1.txt', 'ReadVariableNames',false);
T2 = readtable('FILE2.txt', 'ReadVariableNames',false);
[X,Y] = ismember(T1.Var1,T2.Var1);
find(~X)
ans = 2×1
     9
    46
T1(~X,:) % these strings are not in FILE2.txt
ans = 2x1 table
      Var1  
    ________

    {'JAN3'}
    {'JAN3'}

Because you did not define how to handle missing strings, I did not include any such handling into my answer. Do you want to ignore them, or replace them with some default value, or some other action?

PS: it looks like you have used Excel to manipulate those data, and Excel has automatically converted "JAN3" (in FILE1.txt)

..
HER3
ITC1
JAN3 % looks okay!
KAC1
KAL3
..

into "3-Jan" (in FILE2.txt):

..
GRE3	170.22
HER2	546.6
HER3	545.34
ITC1	32.75
3-Jan	110.36 % Ooops, what happened here?
KAC1	101.17
KAL3	223.89
KAR2	137.4
..

What your files show exactly matches what is described here:

https://www.theverge.com/2020/8/6/21355674/human-genes-rename-microsoft-excel-misreading-dates

https://www.extremetech.com/extreme/313567-scientists-rename-genes-so-excel-wont-reformat-them-as-dates

I have spent many years for a large multinational fighting Excel on exactly the issue of how if automagically imports, identifies, and converts data based on locale date formats and other number formats. Unfortunately there is no way to turn off this "feature", as many engineers and scientists have discovered.

Avoid any strings or short sequences of numbers and delimiters that could possibly be identified as date/number. Ensuring reliable importing of short strings over multiple locales is very very challenging (read: not really feasible).

Summary: if you want reliable data processing which does not alter your data without warning, avoid Excel.

Ivan Mich 2021-3-8

编辑：Ivan Mich 2021-3-8

I am importing the two input files (file1.txt and file2.txt) and the final file (final_new.txt) I would like to create. I f you see the first three columns of final file are the three columns of file1.txt.

Could you please help me?

Stephen23 2021-3-8

编辑：Stephen23 2021-3-8

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Do you want to compare only the first column (as your question stated), or compare the first three columns?

This solution compares the the first column only:

T1 = readtable('FILE1.txt', 'ReadVariableNames',false);
T1.Properties.VariableNames(2:3) = {'Num1','Num2'}
T1 = 74x3 table
Var1Num1Num2_______________________

    {''AIG2''}         2     1.1453
    {''ARG2''}    4.4286     4.6015
    {''ARS1''}    2.6667     8.4634
    {''CH01''}         3     9.8155
    {''CH02''}         3     9.5476
    {''HER2''}         2    0.39297
    {''HER3''}         2     2.8911
    {''ITC1''}         5     7.8801
    {''JAN3''}    3.8571      2.499
    {''KAC1''}    4.2857     4.2561
    {''KAL3''}     3.125     3.8118
    {''KAR2''}    3.6667     2.0716
    {''KAS2''}         3     2.6124
    {''KIF1''}    2.5263     4.8072
    {''KLR1''}         3     7.1157
    {''KOR2''}       2.8     2.6545

Note that your new FILE2.txt contains numeric data stored as char (also common with Excel):

T2 = readtable('FILE2.txt', 'ReadVariableNames',false)
T2 = 79x24 table
Var1Var2Var3Var4Var5Var6Var7Var8Var9Var10Var11Var12Var13Var14Var15Var16Var17Var18Var19Var20Var21Var22Var23Var24_________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________

    {''AGN1''}    {''35.18790''}    {''25.71550''}    {''596.71''}    {''1.0''}    {''''}    {''HNN''}    {''''}    {''0.0155''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNZ''}    {''''}    {''0.0139''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNE''}    {''''}    {''0.0125'' }    {''''}    {''''}    {''''}
    {''AIG2''}    {''38.24180''}    {''22.07240''}    {''137.06''}    {''3.0''}    {''''}    {''HNZ''}    {''''}    {''0.2445''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNE''}    {''''}    {''0.4431''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNN''}    {''''}    {''0.4519'' }    {''''}    {''''}    {''''}
    {''ALX2''}    {''40.84560''}    {''25.87380''}    {''511.65''}    {''1.0''}    {''''}    {''HNZ''}    {''''}    {''0.0178''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNE''}    {''''}    {''0.0142''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNN''}    {''''}    {''0.0116'' }    {''''}    {''''}    {''''}
    {''ARE2''}    {''36.66640''}    {''22.38330''}    {''270.81''}    {''2.1''}    {''''}    {''HNN''}    {''''}    {''0.0646''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNZ''}    {''''}    {''0.0600''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNE''}    {''''}    {''0.0877'' }    {''''}    {''''}    {''''}
    {''ARG2''}    {''38.17840''}    {''20.48780''}    {''49.53'' }    {''5.6''}    {''''}    {''HNN''}    {''''}    {''8.7649''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNZ''}    {''''}    {''5.6940''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNE''}    {''''}    {''10.1653''}    {''''}    {''''}    {''''}
    {''ARS1''}    {''37.63520''}    {''22.72890''}    {''218.71''}    {''3.1''}    {''''}    {''HNN''}    {''''}    {''0.4260''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNZ''}    {''''}    {''0.1866''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNE''}    {''''}    {''0.2739'' }    {''''}    {''''}    {''''}
    {''CH01''}    {''35.51690''}    {''24.02060''}    {''462.51''}    {''1.4''}    {''''}    {''HNN''}    {''''}    {''0.0334''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNE''}    {''''}    {''0.0391''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNZ''}    {''''}    {''0.0239'' }    {''''}    {''''}    {''''}
    {''CH02''}    {''35.51440''}    {''24.03150''}    {''463.36''}    {''1.3''}    {''''}    {''HNN''}    {''''}    {''0.0371''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNZ''}    {''''}    {''0.0222''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNE''}    {''''}    {''0.0373'' }    {''''}    {''''}    {''''}
    {''FLO2''}    {''40.78010''}    {''21.40510''}    {''240.95''}    {''2.3''}    {''''}    {''HNZ''}    {''''}    {''0.0443''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNE''}    {''''}    {''0.0971''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNN''}    {''''}    {''0.1230'' }    {''''}    {''''}    {''''}
    {''FRS1''}    {''39.29350''}    {''22.38440''}    {''169.23''}    {''2.4''}    {''''}    {''HNN''}    {''''}    {''0.1736''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNE''}    {''''}    {''0.1396''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNZ''}    {''''}    {''0.1039'' }    {''''}    {''''}    {''''}
    {''GRE3''}    {''40.08480''}    {''21.43830''}    {''170.22''}    {''2.5''}    {''''}    {''HNN''}    {''''}    {''0.1892''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNZ''}    {''''}    {''0.1138''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNE''}    {''''}    {''0.1979'' }    {''''}    {''''}    {''''}
    {''HER2''}    {''35.33790''}    {''25.13550''}    {''546.60''}    {''1.3''}    {''''}    {''HNN''}    {''''}    {''0.0344''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNZ''}    {''''}    {''0.0225''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNE''}    {''''}    {''0.0381'' }    {''''}    {''''}    {''''}
    {''HER3''}    {''35.32960''}    {''25.10650''}    {''545.34''}    {''1.3''}    {''''}    {''HNN''}    {''''}    {''0.0216''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNZ''}    {''''}    {''0.0525''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNE''}    {''''}    {''0.0381'' }    {''''}    {''''}    {''''}
    {''ITC1''}    {''38.36460''}    {''20.71560''}    {''32.75'' }    {''5.7''}    {''''}    {''HNZ''}    {''''}    {''4.7129''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNE''}    {''''}    {''7.8775''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNN''}    {''''}    {''11.9261''}    {''''}    {''''}    {''''}
    {''JAN3''}    {''39.68380''}    {''20.83770''}    {''110.36''}    {''3.1''}    {''''}    {''HNZ''}    {''''}    {''0.2608''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNE''}    {''''}    {''0.6242''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNN''}    {''''}    {''0.4724'' }    {''''}    {''''}    {''''}
    {''KAC1''}    {''38.13810''}    {''21.54810''}    {''101.17''}    {''3.9''}    {''''}    {''HNZ''}    {''''}    {''0.7523''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNE''}    {''''}    {''1.5065''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNN''}    {''''}    {''2.1294'' }    {''''}    {''''}    {''''}
Tout = join(T1,T2)
Tout = 74x26 table
Var1Num1Num2Var2Var3Var4Var5Var6Var7Var8Var9Var10Var11Var12Var13Var14Var15Var16Var17Var18Var19Var20Var21Var22Var23Var24______________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________

    {''AIG2''}         2     1.1453    {''38.24180''}    {''22.07240''}    {''137.06''}    {''3.0''}    {''''}    {''HNZ''}    {''''}    {''0.2445''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNE''}    {''''}    {''0.4431''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNN''}    {''''}    {''0.4519'' }    {''''}    {''''}    {''''}
    {''ARG2''}    4.4286     4.6015    {''38.17840''}    {''20.48780''}    {''49.53'' }    {''5.6''}    {''''}    {''HNN''}    {''''}    {''8.7649''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNZ''}    {''''}    {''5.6940''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNE''}    {''''}    {''10.1653''}    {''''}    {''''}    {''''}
    {''ARS1''}    2.6667     8.4634    {''37.63520''}    {''22.72890''}    {''218.71''}    {''3.1''}    {''''}    {''HNN''}    {''''}    {''0.4260''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNZ''}    {''''}    {''0.1866''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNE''}    {''''}    {''0.2739'' }    {''''}    {''''}    {''''}
    {''CH01''}         3     9.8155    {''35.51690''}    {''24.02060''}    {''462.51''}    {''1.4''}    {''''}    {''HNN''}    {''''}    {''0.0334''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNE''}    {''''}    {''0.0391''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNZ''}    {''''}    {''0.0239'' }    {''''}    {''''}    {''''}
    {''CH02''}         3     9.5476    {''35.51440''}    {''24.03150''}    {''463.36''}    {''1.3''}    {''''}    {''HNN''}    {''''}    {''0.0371''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNZ''}    {''''}    {''0.0222''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNE''}    {''''}    {''0.0373'' }    {''''}    {''''}    {''''}
    {''HER2''}         2    0.39297    {''35.33790''}    {''25.13550''}    {''546.60''}    {''1.3''}    {''''}    {''HNN''}    {''''}    {''0.0344''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNZ''}    {''''}    {''0.0225''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNE''}    {''''}    {''0.0381'' }    {''''}    {''''}    {''''}
    {''HER3''}         2     2.8911    {''35.32960''}    {''25.10650''}    {''545.34''}    {''1.3''}    {''''}    {''HNN''}    {''''}    {''0.0216''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNZ''}    {''''}    {''0.0525''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNE''}    {''''}    {''0.0381'' }    {''''}    {''''}    {''''}
    {''ITC1''}         5     7.8801    {''38.36460''}    {''20.71560''}    {''32.75'' }    {''5.7''}    {''''}    {''HNZ''}    {''''}    {''4.7129''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNE''}    {''''}    {''7.8775''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNN''}    {''''}    {''11.9261''}    {''''}    {''''}    {''''}
    {''JAN3''}    3.8571      2.499    {''39.68380''}    {''20.83770''}    {''110.36''}    {''3.1''}    {''''}    {''HNZ''}    {''''}    {''0.2608''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNE''}    {''''}    {''0.6242''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNN''}    {''''}    {''0.4724'' }    {''''}    {''''}    {''''}
    {''KAC1''}    4.2857     4.2561    {''38.13810''}    {''21.54810''}    {''101.17''}    {''3.9''}    {''''}    {''HNZ''}    {''''}    {''0.7523''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNE''}    {''''}    {''1.5065''}    {''''}    {''''}    {''''}    {''HNN''}    {''''}    {''2.1294'' }    {''''}    {''''}    {''''}
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