2枚のデータ(2次元)を3次元方向に重ねれば、まとめてblockproc関数に渡す事が出来ます。
star = rgb2gray(imread('star.png'));
circle = rgb2gray(imread('circle.png'));
stacks = cat(3,star,circle); % 2枚の入力画像を1変数に重ねる
fun = @(block_struct) ssim(block_struct.data(:,:,1),block_struct.data(:,:,2));
ssimvals = blockproc(stacks,[10 10],fun); % 10×10のブロックごとにSSIMを出す
imshow(ssimvals); % 30×30のSSIM値を試しに画像として表示してみる
検証用に準備した2枚の入力画像(300×300)は、適当な絵(〇と☆)で類似性は全くありません。