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在 UNIX 系统上使用不同的 MPI 版本

编译 MPI

在 Linux® 操作系统上，您可以使用与 Parallel Computing Toolbox™ 提供的 MPI 编译不同的 MPI 编译。本主题概述了创建用于通用调度器接口的 MPI 编译的步骤。如果您已经有了其他 MPI 版本，请继续使用您的 MPI 编译。

  1. 将 MPI 源解压到计算机上的目标文件系统中。例如，假设您已经下载了 mpich2-distro.tgz 并想要将其解压到 /opt 进行编译：

    # cd /opt
# mkdir mpich2 && cd mpich2
# tar zxvf path/to/mpich2-distro.tgz
# cd mpich2-1.4.1p1

  2. 使用 enable-shared 选项编译您的 MPI（这很重要，因为您必须编译一个共享库 MPI，二进制兼容 R2013b 到 R2018b 的 MPICH2-1.4.1p1，或 R2019a 及更高版本的 MPICH3.2.1)。例如，以下命令使用 nemesis 通道设备和 gforker 启动器编译 MPI。

    #./configure -prefix=/opt/mpich2/mpich2-1.4.1p1 \
 --enable-shared --with-device=ch3:nemesis \
 --with-pm=gforker 2>&1 | tee log
# make 2>&1 | tee -a log
# make install 2>&1 | tee -a log

使用您的 MPI 编译

当您的 MPI 编译准备就绪时，此阶段将重点介绍将其与通用调度器一起使用的步骤。要使您的集群与不同的 MPI 编译一起工作，请按照以下步骤操作。

  1. 通过运行 mpiexec 可执行文件来测试您的编译。编译应该准备好测试其 bin/mpiexec 和 lib/libmpich.so 是否在 MPI 安装位置可用。

    遵循编译 MPI 中的示例、/opt/mpich2/mpich2-1.4.1p1/bin/mpiexec 和 /opt/mpich2/mpich2-1.4.1p1/lib/libmpich.so 已准备就绪，因此您可以使用以下命令测试编译：

    $ /opt/mpich2/mpich2-1.4.1p1/bin/mpiexec -n 4 hostname

  2. 创建一个 mpiLibConf (Parallel Computing Toolbox) 函数来指示 Parallel Computing Toolbox 使用您的新 MPI。编写 mpiLibConf.m 以返回适合您的编译的信息。例如： 

    function [primary, extras] = mpiLibConf
primary = '/opt/mpich2/mpich2-1.4.1p1/lib/libmpich.so';
extras  = {};

    primary 路径必须在集群上有效；并且您的 mpiLibConf.m 文件在集群工作单元路径上的位置必须高于 matlabroot/toolbox/parallel/mpi。（为此目的将 mpiLibConf.m 作为附加文件发送是行不通的。您可以通过将文件移动到路径上的文件夹中，或者让调度器在其命令中使用 mpiLibConf.m 来在工作单元路径上获取 cd 函数，以便它从包含该函数的文件夹内启动 MATLAB® 工作单元。）

  3. 确定必要的守护进程和命令行选项。

    • 确定所有必要的守护进程（通常像 mpdboot 或 smpd)。本节中的 gforker 编译示例使用不需要在集群上运行任何服务或守护进程的 MPI，但它只能使用本地计算机。

    • 确定要传递给 mpiexec 正确命令行选项。

  4. 要设置集群以使用新的 MPI 编译，请修改通信作业包装器脚本以选择正确的 mpiexec。此外，包装器脚本中可能有一个阶段用于启动 MPI 进程管理器守护进程。

    通信作业包装器脚本必须：

    • 确定调度器分配哪些节点。

    • 启动所需的守护进程。例如，对于 MPD 进程管理器来说，这意味着调用 "mpdboot -f <nodefile>"。

    • 定义使用哪个 mpiexec 可执行文件来启动工作单元。

    • 停止守护进程。例如，对于 MPD 进程管理器来说，这意味着调用 "mpdallexit"。

    有关通信作业包装器脚本的示例，请参阅示例插件脚本。