赤の線を data1 ように1本だけ表示し (3本の線のうち、2本の線を示す) 、青の線1本を data2 とラベル付するには、凡例に表示したいラインオブジェクトのハンドルのみを使用して次のサンプルコードを参考にしてください。
h(1) = plot(1:10,sin(1:10),'r');
hold on
h(2) = plot(1:10,cos(1:10),'r');
h(3) = plot(1:10,cos(1:10) + sin(1:10),'b');
legend(h([1,3]),{'data1','data2'})