【原因】
この現象はMATLAB Compilerの不具合ではなく、Visual C/C++のデバッガの仕様によるものです。
詳細につきましては、Microsoft社の下記URLを参照してください。
1) <http://blogs.msdn.com/b/davidklinems/archive/2005/07/12/438061.aspx>
2) <http://blogs.msdn.com/b/davidklinems/archive/2005/07/18/440150.aspx>
3) <https://msdn.microsoft.com/en-us/library/windows/desktop/ms679330(v=vs.85).aspx>
【解決方法】
この例外はアプリケーション動作に影響を与えませんので、無視していただいて結構です。