num2str 関数を使って、ループ内でファイル名を作成し、save 関数などのファイルI/Oを使って保存することができます。
下記の例では、ASCII形式にて通し番号つきのファイルを作成します。
rootname = 'file'; % ファイル名に使用する文字列
extension = '.dat'; % 拡張子
for k = 1:5
data = 2*k;
filename = [rootname, num2str(k), extension]; % ファイル名の作成
save(filename,'data','-ascii') % ファイルへの保存
end
上記を実行すると、file1.dat, file2.dat, ..., file5.dat というファイルが作成されます。
なお、通し番号つきの変数（A1, A2,...,An）については、eval 関数を使って定義する方法よりも、構造体やセル配列などを用いて 1つの変数として管理する方法が推奨されています。
通し番号つきファイルや変数の作成については、以下のドキュメンテーションでも紹介されています。
・MATLAB: 関数 eval の代替方法
