Line オブジェクトに紐づいている Annotation オブジェクトの IconDisplayStyle プロパティを使用することで可能です。
下記の例では、赤色の点線の凡例を非表示に設定しています。
t = 1:1/10:10;
y1 = sin(t);
y2 = y1 - 0.5;
y3 = randn(size(t));
% グラフ表示
h1 = plot(t,y1,'b');
hold on
h2 = plot(t,y2,'r:');
h3 = plot(t,y3,'g');
% 赤色のラインの凡例を非表示に設定する
% h2-> 赤色のラインのハンドル
hAnnotation = get(h2,'Annotation');
hLegendEntry = get(hAnnotation,'LegendInformation');
set(hLegendEntry,'IconDisplayStyle','off')
% 凡例の表示
[h,obj] = legend('y1','y3');
