"DataAspectRatio" という座標軸のプロパティを設定すれば、AXIS EQUAL で調整したグラフのZ軸のみを調整することが可能です。下記のサンプルプログラムをご参考ください。
- サンプルプログラム:
Z=rand(3,3)*0.01;
figure,bar3(Z)
pause(2)
axis equal
pause(2)
set(gca,'DataAspectRatio',[1 1 0.01])
pause(2)
set(gca,'DataAspectRatio',[1 1 0.005])