Simulink Report Generator で XML を用いてモデルの比較を行うことができます。
詳細について下記のURLからご覧いただけます。
なお本機能は、Simulink Report Generator 3.5(R2008b+)からの対応になります。
・Using the XML Comparison Report
<http://www.mathworks.co.jp/jp/help/rptgenext/ug/using-the-xml-comparison-report.html#brwuyl9-3>
下記のように二つのモデルを比較することも可能です。
open_system('slxml_radar_eml_1')
open_system('slxml_radar_eml_2')
visdiff('slxml_radar_eml_1', 'slxml_radar_eml_2');