PAPERPOSITION プロパティを変更し、PRINTコマンドで解像度を指定することで実現できます。下記に、コマンドの実行例を紹介します。
surf(peaks)
% control the image pixel size by manipulating the paper size and number of dots per inch
output_size = [500 300];%Size in pixels
resolution = 300;%Resolution in DPI
set(gcf,'paperunits','inches','paperposition',[0 0 output_size/resolution]);
% use 300 DPI
print('test.png','-dpng',['-r' num2str(resolution)]);
% now read the image back in to MATLAB and test its size
a=imread('test.png');
size(a)
