1つ目の質問については，arm という変数を，MAT-ファイル，もしくはモデルワークスペースなどに保存しておくことで，Simulink モデルが動かせるようになります．4つの計算結果は，arm という構造体変数の中に格納されているので，保存するのは arm という変数だけで大丈夫です．
また，2つ目の質問，STL ファイルを変えて，複数の要素を一気に計算されたい件について．URL にある下記手順について，要素毎に異なる場合は，その情報も別途指定する必要があります．
手順 2: インターフェイス座標系の場所の指定
手順 3: 有限要素メッシュの作成
手順 4: インターフェイス座標系用の多点拘束の設定
手順のスクリプトを関数化して，変更が必要な情報を入力引数で指定することで，まとまった処理が可能になるかと思います．
