上記リンク先のQAが示す通り、scatterと同様にgeoscatter同士を重ねる事が可能です。（但し、scatterとgeoscatterを重ねる事は「AxesとGeographicAxesが共存出来ない」為出来ませんでした）
見た目は違いますが「値のカラー別表示」も「2種類のgeoscatterを重ねる」も出来ます。表示する値も緯度経度の様ですし、今のプログラムのscatterをgeoscatterに変えれば良さそうに思えますが、何が問題なのか判りません。
lon = (-170:10:170);
lat1 = 50 * cosd(3*lon);
lat2 = 20 * cosd(3*lon);
geoscatter(lat1,lon,30,'blue','filled')
hold on
geoscatter(lat2,lon,50,cosd(lon),'filled')
colormap jet;
colorbar;
