セル配列を利用してはいかがでしょうか。
a=[0,1,2,3,4,5,6,7,0,2,5,6,7,8,9,0,4,5,6,7,3,2]
b=[1,2,3,4,5,6,7,8,9,1,2,3,4,5,6,7,8,2,1,3,4,5]
if a(end)~=0
a(end+1)=0;
end
id0=find(a==0);
id =[id0,length(a)];
c={};d={};
for k=1:length(id0)-1
c{k}=a(id(k):id(k+1)-1);
d{k}=b(id(k):id(k+1)-1);
end
c{:}
d{:}