List(n).nameにはファイル名(例:1.txt)しか含まれませんので、exeファイルと同じフォルダ階層に1.txtと2.txtが置かれている必要があります。
AAAフォルダに1.txtなどがあるとのことなので、fullfileを付けてフォルダ名を含むファイルパスを指定してみてはいかがでしょうか?
List = dir('AAA/*.txt')
for n = 1:length(List)
List1{n} = readcell(fullfile(List(n).folder, List(n).name))
List2 = cat(1,List1{1:n})
end
writecell(List2,"List.csv")
また、アプリケーションコンパイラでexeにした後、exeと同じフォルダにAAAを置く必要があります。