下記の方法ではいかがでしょうか?
% 変数 A はサイズが 3×3×100 の3次元配列と想定
A = reshape(permute(A, [2 1 3]), 1, [], 100);
A = squeeze(A)';
例:
% 簡単のため 3×3×3 の3次元配列を作成
A = repmat([1 2 3; 4 5 6; 7 8 9], 1, 1, 3);
% 変換
A = reshape(permute(A, [2 1 3]), 1, [], 3);
% 2次元配列に集約
A = squeeze(A)';
% 表示
disp(A)