reshapeによる配列変形で楽に処理可能です。
clear
wh = 19;
num = 10000;
X = randi([0 1], wh, wh, num); % ダミーデータ(どうせ使わないので対角性は考慮していない)
% 下対角成分だけを抽出するためのマスク
mask = double(~triu(ones(wh)));
mask(mask==0) = nan;
% マスキング
X_ = X .* mask;
% 変形
X_ = reshape(X_,wh^2,num);
X_(isnan(X_(:,1)),:) = []; % マスクした要素を行ごと消去
X_ = X_'; % 必要に応じて