脳波データでCNN、とひとくちにいっても、やり方が色々あると思います。もう少し詳しくやりたいこと（入力信号をそのまま使うor画像化するorその他、CNNでどんなタスクをやりたいのか、など）を教えていただけると回答がつくかもしれません。
とりあえず何かやってみたい、でしたら、こんなデモもあります。
EEG Signal Classification Using Deep Learning
OpenBCIのMATLABドキュメンテーションはこちらです。読み込みや、前処理に使えるFieldtripなどの紹介があります。
