可能です。
カスタム出力関数を定義する必要があります。
上のリンクにある例題で言えば、以下の修正を加えることでカーネル関数のハイパーパラメーターを確認できます。
case 'iteration'
if results.MinObjective < 0.13
stop = true;
end
figure(h)
tms = results.IterationTimeTrace;
plot(1:numel(tms),tms','x-')
xlabel('Iteration Number')
ylabel('Time for Iteration')
title('Time for Each Iteration')
drawnow
%* カーネル関数のハイパーパラメーター
gp = results.ObjectiveFcnModel.Model;
kparams = gp.KernelInformation.KernelParameters;
また、グローバル変数を利用して、出力関数が呼ばれるたびに、ハイパーパラメーターを（毎回）保存することも可能です。
以下のリンクもご参考ください。
