一気にやろうとすると頭がこんがらがってくるので、おススメのやり方は、配列の要素を1つずつ取り出してわかりやすい変数名で置き換えて、一ステップずつ考えるといいと思います。
x0 = ObjBox(:,1); % 左上のX座標
y0 = ObjBox(:,2); % 左上のY座標
w = ObjBox(:,3); % widthの頭文字
h = ObjBox(:,4); % heightの頭文字
% 3分割した枠の定義
w3 = round(w/3); % X方向に3分割した場合の1個当たりの枠のwidth
EyeBox1 = [x0,y0,w3,h];
CenterBox = [x0+w3,y0,w3,h];
EyeBox2 = [x0+w3*2,y0,w3,h];