"audiorecorder" オブジェクトと timer オブジェクトを使って "getaudiodata" メソッドで指定時間ごとにデータを読み込むこともできますが、"audiorecorder" オブジェクトはこのような長時間の使用を想定したものではなく、時間とともにバッファ内の音声データのサイズが大きくなり、最終的にはオーバーフローとなります。
長時間の音声データ取り込みの場合は "audiorecorder" オブジェクトの代わりに、Audio System Toolbox の "audioDeviceReader" オブジェクトを使用して、音声をキャプチャすることができます。
詳しくは、以下のドキュメントページを参照してください。
https://www.mathworks.com/help/audio/ref/audiodevicereader-system-object.html