重心を用いた、個々の細胞抽出

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HIGUCHI 樋口 2022-4-5

评论： Akira Agata 2022-4-6

細胞画像から、細胞個々を抽出したいと考えています。

手法として、細胞画像を2値化し(図1)、各オブジェクトの重心を求めます。(図2)

その上で、各細胞の重心を中心にして正方型にトリミングしたいと考えています。(図3)

しかし、他の細胞も映り込んでしまい、特定の細胞以外(中心とした細胞以外)は除去したいと考えています。(図4)

図3のところまでは出来るのですが、特定の細胞以外(中心とした細胞以外)の除去する方法に難航しております。(図4)

何かよい案が頂けると幸いです。何か欲しい情報があればお伝えください。

Hiroyuki Hishida 2022-4-6

この種類の細胞取得画像に対してということであれば、Instance Segmentationになると思います。

ただこれは、いわゆるAI・Deep Leaningを用いる手法になり、教師データを揃えるなど準備は必要です。

もう少し簡素にするのであれば、いくつか観察に基づく知見を用いることになります。

例えば、細胞のカタチは楕円である、細胞の面積はおよそXXである、細胞の輪郭はかならず白くハレーションしているなどです。試してはおりませんが、輪郭が白くハレーションしていることなどはそれなりに今回は利用できるように思われますが、もしそうであれば、以下など参考になるかもしれません。

Akira Agata 2022-4-6

もし、トリミングした後の画像で、①細胞どうしがオーバーラップしておらず、②除去したい細胞は画像境界に接している、という２つの条件を満たすのであれば imclearborder 関数が使えます。以下はその一例ですが、いかがでしょうか？

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