scatter(x,y,sz,c)の文法で色の設定が出来ます。一つ問題があって、x,yが共に行列だと1点ずつ色設定する事が出来ず、列毎にしか色を分けられません。x,yに行列ではなくベクトルを入力すれば1点ずつ色設定することが出来ます。下記に例を示します。
[A B] = meshgrid(1:72, 1:90); C = rand(90,72); % A,B,Cはそれぞれ90行72列の行列(値は例)
A = A(:); % 行列A(90行72列)⇒ベクトルA(6480行1列)に変換
B = B(:); % 行列B(90行72列)⇒ベクトルB(6480行1列)に変換
J = jet(256); % 256行3列のカラーマップjetを得る(256行は例。色の分解能)
C = ceil(C./ max(C,[],'all').* 256); % Cを最大値で割り1～256に正規化
C = J(C, :); % Cのデータ⇒RGB値に変換(6480行3列)
scatter(A,B,1,C);
