構造体から抽出して繰り返しています
clear; close;
F_name=dir('../data/Chlo/*.nc');
varname1 = 'chlor_a';varname2 = 'lon';varname3 = 'lat';
ここでF_nameは構造体ですので F_name(1).name のようにしてデータを取り出します
for文でデータ分繰り返しましょう
for ii = 1:height(F_name)
filename = fullfile(F_name(ii).folder,F_name(ii).name);
chlo=ncread(filename,varname1);
lon=ncread(filename,varname2);
lat=ncread(filename,varname3);
lon1{ii}=repmat(lon,1,size(lat,1));
lat1{ii}=repmat(lat',size(lon,1),1);
mvar_all{ii} = chlo;
end